Здание палат построено в 1671-1679 гг. псковскими каменщиками по заказу крупнейшего псковского купца второй половины XVII в. Сергея Ивановича Поганкина.
В XVII в. двор располагался в черте Окольного города, на Полонище. Двор имел замкнутый характер, постройки располагались по его периметру. Здание в плане имело «П»-образную форму и делилось на три части: трехэтажную (западный корпус), двухэтажную (южный корпус) и одноэтажную (восточный корпус). Строительный материал – местная известняковая плита на известковом растворе, стены обмазаны и побелены. Над каменным объемом возвышалась тесовая кровля. Помещения первого и второго этажа имели сводчатые перекрытия, третьего – деревянные плоские потолки, полы на первом этаже были каменными, во втором и третьем – деревянными. Второй и третий этаж отапливались печами. Здание имело два крыльца – каменное с нижним и верхним рундуком на столбах у западной части и каменно-деревянным в юго-восточном углу южной части здания. Каменные парадные ворота располагались между флигелем и палатами.
После смерти С.И. Поганкина (сер. 90-х годов XVII в.) здание неоднократно меняло владельцев и арендаторов. Однако никто из них не вкладывал средства в его ремонт, в результате чего палаты ветшали и к середине XVIII века оказались в аварийном состоянии. Первый крупный ремонт был проведен в 1750-1754 гг. Палаты полностью сохранили свою каменную часть и некоторые конструкции крыши, но в результате ремонта утрачены деревянные потолки, дубовые паркетные полы в помещениях второго и третьего этажей, изразцовые печи. Также были разобраны оба крыльца, флигель, деревянные амбары и баня. Здание приспособили под склад, каковым оно и оставалось до конца XIX в. Во время следующего ремонта (1828 г.) заложены окна, тесовое покрытие заменено на черепичное, разобраны каменные ворота XVII в. В марте 1900 г. здание Поганкиных палат было передано Псковскому археологическому обществу для размещения в нем краеведческого музея. Приспособление палат для нужд музея в нач. XIX в. повлекло за собой крупные ремонтные работы. В здании были раскрыты все окна и ниши, поставлены новые печи, сделаны новые деревянные потолки, построено новое каменное крыльцо.
Огромный ущерб зданию был нанесен во время Великой Отечественной войны. В результате взрыва бомбы в 1944 г. была разрушена значительная часть здания. В результате ремонтно-реставрационных работ 1949-1952 гг. помещения, объем и композиция северной части здания были восстановлены.
На месте каменного крыльца 1902 г. было установлено временное деревянное (снова пристенное) крыльцо-вход на второй этаж основной трехэтажной части.
В дальнейшем, в 1980-е гг. были начаты планомерные историко-архивные, натурные, научно-исследовательские и проектные работы по реставрации Поганкиных палат. В ходе работ было разобрано деревянное крыльцо как не отвечающее историческим формам и на его месте проведены в 1982 г. археологические исследования, которые дали новые интересные материалы по устройству первоначального каменного крыльца.
В 2010 г. были проведены консервационные работы по покраске фасадов, замене консервационного покрытия.
В 2022 году на объекте были завершены комплексные ремонтно-реставрационные работы с приспособлением для современного использования, благоустройство прилегающей территории.
Это всемирно известный памятник псковской гражданской архитектуры. В нем проявились лучшие конструктивные и художественные достижения псковских каменщиков. Что делает его одним из самых значимых памятников древнерусского зодчества.
Основные габариты: 43+54+36 мх13.5хh16 м; высота помещений нижнего этажа – 3.7 м, среднего этажа – 4 м, верхнего этажа – 3.7 м.
В настоящее время законным владельцем объекта культурного наследия федерального значения 17-го века «Поганкины палаты» является Псковский музей-заповедник.