Первое упоминание о Варваринском монастыре встречается в «Новых псковских грамотах XIV – XV вв.» а именно: выписка из духовной посадника Федора на землю и воду в Лисьях, завещание монастырю св. Варвары. Упоминается строительница «старица Агафья с сестры». Имеется также точная дата, указывающая о существовании памятника – 1561 г. В Псковских летописях читаем: «Лето 7069… того же лета погоре от Пскова за Петровские вороты от Михайловского схода до ямского двора, и монастыри погоре и церкви Иоанна Милостивого и мученицы Варвары…» Церковь, дошедшая до нас построена в 1618 г.

      В начале XX века монастырь перестроили. Над трапезной возвели колокольню с шатровым покрытием и двухскатным крыльцом. В 1946 году при реставрации эти элементы разобрали, посчитав их поздними и искажающими облик памятника. Во время Великой Отечественной войны в трапезной и алтаре растесали волоковые окна. За всё время существования церкви утратили 3–4 нижних венца из-за гниения. Документы о реставрации 1946 года не сохранились, автор работ неизвестен. В ходе работ заменили пол по всей церкви, в трапезной — потолок, в растесанные окна вставили новые рамы, а гнилые брёвна обработали. В 1973 году заменили прогнившие балки и часть досок перекрытия алтаря, сняли обшивку, укрепили фундамент и гидроизолировали нижние венцы.

      Церковь представляет собой небольшую прямоугольную клеть, разделённую на две части: четверик и притвор с крыльцом. С востока к ней примыкает алтарь меньшей ширины. Сруб четверика покрыт двускатной щеповой крышей с барабаном и главкой, обитой жестью. Трапезная и алтарь также покрыты щепой и жестью соответственно.

      Хорошо сохранились волоковое окно, круглое окно в алтаре и перекрытия на врубках без гвоздей. Художественные особенности церкви, такие как ясное членение масс, живописный силуэт и тонко прорисованные детали декора, свидетельствуют о высоком мастерстве её создателей.

      Основные размеры: 7х11,5хh11 м.

      «Церковь Варвары Великомученицы (деревянная)», 1618 г. уникальна тем, что это единственная сохранившаяся деревянная церковь XVII века в Пскове. По ней можно судить о высоком уровне мастерства наших предков. В 1990-е годы церковь, как объект культурного наследия федерального значения, передали Псковской епархии.