Многие памятники средневековой архитектуры нуждались в спасении от полного разрушения, поэтому Б.С. Скобельцын, как архитектор, выполнял консервационные и противоаварийные работы, включая частичную реставрацию. Среди таких объектов — известные монастыри, о которых мы сегодня поговорим.

«Ансамбль Крыпецкого монастыря, XVI в.», Псковская область, Псковский район, Торошинская волость, д. Крипецкое

Мужской монастырь, основанный афонским иноком Саввой. Официально получил монастырский статус в 1487. В XVI в. здесь приняли постриг прп. Нил Столобенский и прп. Никандр Порховский. Каменные постройки сооружены в XVI в., деревянные ограда и корпуса келий — в нач. XIX в., в 1861 построена каменная ограда. Окончательно закрыт в 1923, здания заняты совхозом. Со времен войны постройки заброшены, частично разобраны, в нач. 1960-х рассматривался вопрос об их сносе.

В 1990 возвращён верующим, старые здания отремонтированы, сооружены многочисленные новые.

В 1950-е годы Б.С.Скобельцын занимался ремонтными работами «Церкви Иоанна Богослова, 1557 г.». Каменный храм из плиты, сооружённый при игум. Феоктисте. Крупное здание на подклете. Четырёхстолпный трёхапсидный одноглавый собор. К северо-восточному углу собора примыкает одноглавый придел, с запада и юга храм охвачен галереей-гульбищем. При перестройках устроены четырёхскатная кровля, купол вычурной формы, заложены арки гульбища. Вверху придел Саввы Сербского, внизу под главным храмом в XIX в. был устроен тёплый престол Пяти Мучеников (Авксентия, Ореста, Евстратия, Мардария, Евгения), под приделом — престол Саввы Крыпецкого.
В храме под спудом покоятся мощи прп. Саввы Крыпецкого (+1495 (1487?)). В нижнем храме хранятся мощи старца Корнилия Крыпецкого (+1903, канонизирован в 1999).

Закрыт в 1920-х, к 1960-м в аварийном состоянии.

Усилиями Е. А. Морозкиной в 1964 г. устроены временные кровли.

В 1990-х начаты восстановительные работы, оконченные в 2004 г.

«Ансамбль Мальского монастыря, XV в.», Псковская область, Печорский район, городское поселение «Печоры», дер. Малы, д. 57, д. 58, д. 59

Мужской монастырь, основанный прп. Онуфрием Мальским, предположительно, около 1480. Был небогат, в камне отстроен в сер. XVI в., в 1581 г. разорён поляками, но вскоре восстановлен. Позже приписан к Псковскому архиерейскому дому, в 1764 упразднён. Храм сохранился как приходской. В 2000 восстановлен как скит Псково-Печорского монастыря. В настоящее время закрыт.

В 1963 г. Б.С.Скобельцын занимался реставрационными работами «Церкви Рождества Христова в Малах, к. XV – н. XVI вв.». Каменный соборный храм из плитняка. Четырёхстолпное пятиглавое здание на подклете с трёхчастным алтарём и притвором. В настоящее время храм покрыт на четыре ската, первоначальное покрытие, видимо, было пощипцовым. Обширный южный придел Онуфрия Мальского пристроен в 1895-1902. Не закрывался.